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根据你的描述，你的牙齿有几种问题有待解决，1有虫牙并且坏的只剩一半的牙，建议拍牙片评估可保留性，如果缺损不是太大，牙根炎症范围局限，骨头情况可，可以尝试根管治疗后冠修复保留，如果缺损大或后期可修复性不佳，则建议考虑拔除。
对于牙根及上颌窦中有囊肿的情况，首先建议也是拍牙片，明确囊肿的范围，如果范围不大，并且可以通过根尖手术切除的情况，可以考虑根管治疗后行根尖手术和囊肿切除术后保留患牙。如果囊肿范围过大，牙齿周围骨质破坏太重，则可能保留患牙较困难，可考虑拔除患牙后行囊肿切除术。
对于智齿，根据是否有阻生及萌出情况及咬合情况，决定是否拔除，如果有以上的任一情况，有阻生，萌出不佳，咬合情况不佳等，都建议尽早拔除智齿。