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幽门螺旋杆菌一旦开始根除治疗就要正规用药，用够14天，月经期间这些药是可以吃的，可以正常服用。
你的不舒服反应很有可能是克拉霉素的胃肠道反应。

建议你杀菌治疗结束以后再去打疫苗吧。因为具体有没有影响，影响有多大，这个是不太明确的。

饮食原则：（1）三餐要有规律的饮食：定时定量，有助于消化腺的分泌，更利于消化，不要饥一顿饱一顿；要做到每餐食量适度（每餐八九成饱），每日三餐定时，到了规定时间，不管肚子饿不饿，都应主动进食，避免过饥或过饱；（2）少吃生冷食物和刺激性食物：生冷和刺激性强的食物对消化道黏膜具有较强的刺激作用，容易引胃炎；（3）少吃油炸食物：油炸食物不容易消化，会加重消化道负担，导致胃酸反流，导致胃炎食管炎；（4）细嚼慢咽：以减轻胃肠负担，对食物充分咀嚼次数愈多，随之分泌的唾液也愈多，对胃黏膜有保护作用；（5）少吃腌制食物：这些食物中含有较多的盐分会损伤胃黏膜；少吃盐，每日控制在6g；（6）不要吃有刺激性的过酸和过甜的食物，如辣椒、生葱、生蒜、韭菜、菠萝、山楂、柠檬、太甜的糕点、浓缩果汁、咖啡、酒、浓茶、可乐、雪碧等；不要吃雪糕，少吃烧烤；
生活作息方面：（1）不要劳累，不要熬夜，熬夜会损伤胃黏膜，建议每日保障8-9小时充足睡眠；（2）适宜运动，每日保障运动半小时，（可以每日行走6000-10000步），不一定剧烈运动；（3）调节情绪，放松心情，不要有压力，每日有个好心情（好多胃肠疾病均与情绪有关系）。

吃完药以后停药一个月以后再去复查，这个时候复查的结果最为真实可靠。

感谢您的好评，祝您早日恢复健康！
如有需要，欢迎再次咨询！