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你好，根据你的描述，以及这些检查结果，已经基本可以判断是直肠癌的概率大于95%。直肠肿物的活检结果是重度异型增生，基于我们的经验以及相关研究，结合你父亲的年龄以及肠镜的照片，我可以判断你父亲的直肠肿物是直肠癌的概率至少在95%以上。
关于分期的问题，因为现在并没有做手术切除肿瘤，病检结果也只是活检组织的病检结果，所以没法知道现在肿瘤的组织学分期。但是可以从核磁共振的结果得到肿瘤的影像学分期，是T3N2M0。这个分期属于中期偏晚，但是还没有到晚期。按照直肠癌的国际治疗指南，应该先进行放化疗降期，把肿瘤的分期降下来，然后再做手术切除，这样可以达到最好的疗效，而且也能提高保肛的概率。
手术方式如果选择taTME的话，我建议去华西医院做，一般地方医院的话肯定做不好这个手术。taTME就是要在完整全面清除肿瘤的同时保肛，手术难度大，所以我建议还是应该去大医院做手术，要不然保不了肛就很划不来了。
另外，你父亲还有个问题就是乙状结肠也有个肿物，考虑可能是一个息肉，这种情况我建议在做放化疗的间隙期住院把这个息肉在肠镜下切掉。因为如果不切掉这个息肉的话，到时候会影响直肠手术的进行。因为直肠手术后需要行肠管和肛管的吻合，如果有个息肉在肠管里面的话，会妨碍吻合，而且也会妨碍吻合口的生长。所以我建议先把乙状结肠的息肉切除。