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对于性别认同障碍者来说，诊断往往比较明确，一般都坚持要求手术，而同时也需要心理治疗。医生会根据具体情况和其一起制定治疗目标，时间长短也因人而异，没有硬性规定。治疗随着激素治疗及外科治疗同时甚至更早进行。有时心理治疗还可能扭转患者的性别认同，有些则是帮助其在变性过程中顺利面对各种问题。这往往要持续1-2年甚至更长。
而性欲倒错则需要和正常的性行为、精神分裂症、躁狂发作、痴呆、精神发育迟滞、反社会人格等进行鉴别。
性欲倒错的治疗方法除了各种心理治疗外，也可以用激素、5-羟色胺再摄取抑制剂等药物治疗。这些药物主要是为了降低性欲、控制性欲倒错。

可以正常工作生活的。有些人因为无法对正常异性产生性欲，所以生育后代就有困难了。
药物需要长期服用，当然，超过六个月以上，有些人会出现药物的副作用。用激素治疗最明显的长期副作用就是体重增加、血压升高、糖耐量异常、胆囊疾病。还有心脏并发症和骨质疏松。

使用激素治疗的话，一般建议要监测血压、体重、睾酮水平、卵泡刺激素、促黄体酮、肝功能、电解质和血糖。对骨盆和长骨进行骨扫描，还有血常规。
每2-3个月就要进行抽血化验，当情况稳定后，可以改成每半年查一次血，每年查一次骨扫描。另外，每年进行一次体检也是很有必要的。
即便是不再服药，每年的体检也是有必要的。