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家长您好，感谢您的信任！
根据您提供的资料，孩子发热咳嗽原因有以下两种可能：
1.肺炎：虽然没有实验室方面的检查报告，但根据孩子的年龄（6岁），咳嗽2周、发热6天，考虑可有支原体肺炎可能。支原体肺炎多发生于学龄期儿童，临床表现以持续高热、阵发性咳嗽为主，治疗上建议阿奇霉素抗感染5~7天，如果高热持续不退，胸片渗出加重，必要时需要加用糖皮质激素抗炎。
2.流感：流感病毒（甲流、乙流）感染后，表现为持续高热伴全身不适。治疗上口服奥司他韦5天。
以上两种情况可单独存在，也可能同时存在。在疾病尚未控制时会反复高热，高热前会有寒战，会觉得全身发冷，四肢冰凉，这是正常疾病表现，监测体温，若体温>38.5度伴全身不适，口服退热药（布洛芬或对乙酰氨基酚）。间隔4小时可反复使用，24小时不超过4次。高热时建议松被或减少衣物，多喝水。如果经过退热处理后，体温有下降趋势，可继续在家观察，不建议反复多次去医院就诊。

发热是机体对抗外来病原体的一种反应，有利于消除病原体，提高人体免疫力，所以家长您不用害怕发热，发热是不会烧坏脑子的，只有持续超高热（>42度）时，可能会影响孩子的全身各器官。

同为母亲，很理解您现在的心情！
流感目前诊断明确，区别与普通感冒，流感持续高热更反复，体温通常在40度左右，口服退热药效果不佳；全身症状如咽痛、头痛、全身酸痛、乏力等更明显；传染性更强；起病48小时内使用奥司他韦治疗有效。今天刚确诊为流感，也就是说奥司他韦服用第一天，疾病还在急性期，体温反复属正常现象。
肺炎，可由很多病原感染引起，流感病毒、细菌、支原体均有可能。不同病原抗生素选择有所区别。在明确病原前，先经验性使用抗生素治疗。治疗3天观察疗效，如效果不佳，需要更换抗生素。建议在静脉输液同时，建议明复查血常规、支原体抗体等。普通肺炎门诊输液即可，若医院有条件，住院检查及治疗更让家长放心。

另外，需要特别注意观察孩子是否有皮疹、结膜是否充血、是否颈部淋巴结肿大等。如果有上述症状，需要怀疑其他疾病，如EB病毒感染、川崎病。

希望孩子早日恢复健康