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根据你的描述：孩子2周岁，半月前咳嗽 检查肺炎支原体igm阳性，服用两个周期。六月上旬因疱疹性咽峡炎发高热出现惊厥，既往有一次高热惊厥史。
结合妈妈的问题分析如下：
1.孩子肺炎支原体感染，一般普通上呼吸道感染1-2疗程已经足够，除非孩子再反复有症状，所以如果你的孩子没有再咳嗽，不推荐再用阿奇霉素。一般也不建议一定要复查肺炎支原体的抗体。
肺炎支原体很多情况下是定植菌，很多即使检查阳性，没有症状的情况下也不治疗。
2.孩子已经高热惊厥两次，一般情况下还是需要全面检查，脑袋磁共振、脑电图等还是要做的，排除癫痫和颅内占位。如果排除上述异常情况，考虑复杂性热惊。
对于复杂性热惊，我们一般的处理就是尽量避免孩子高热，如果体温到38℃，最好进行口服退烧药退热。我或许还有多次发热抽搐病史的建议，下次孩子出现发热就可以用安定进行预防。
绝大多数孩子的发热抽搐都是在热程的第24小时内，因此短程预防用药一般只需24-48 小时即可,但对于在热程中反复发作，尤其是发作频繁者也可用至体温恢复正常。
抗惊厥药物的副作用是就是镇静药的副作用，可能会带来嗜睡等情况，一般短程的少量的应用对孩子影响不会很大。
儿童门诊比较常用的抗惊厥药物，就是安定和水合氯醛，这两者还是比较安全的，不需要太担心它的副作用，一般我们也是极少量应用的。
总之孩子肺炎支原体感染的问题，我觉得可以再观察一段时间，而高热惊厥这个问题，下次尽量避免感冒发热，有发热及时退热。
平常生活中尽可能避免接触呼吸道感染的病人，避免到人多空气污浊的环境中去；家中患呼吸道感染性疾病的成人要尽量避免亲密接触年幼的孩子，如需接触要洗手戴口罩；养成规律洗手的习惯；此外，按时预防接种，加强锻炼，多晒太阳，注意室内空气流通和保持一定湿度，及时增减衣物，均衡饮食等都非常重要。

其实少许咳嗽是没关系的，比如说一天得少于6到8次，这样的咳嗽频率对孩子来说是不会造成影响的，过多用药对孩子，可能会带来其他的副作用。所以我觉得你还是再继续关注孩子的咳嗽频率变化吧，如果没有明显增多，先不要着急加药。
具体讲妈妈这几天需要关注孩子的精神状态，胃口，体温，呼吸等情况变化，如果出现有精神状态变差，拒食，持续发热，咳嗽频率增多，呼吸急促，一分钟呼吸大于40次以上的，这提示孩子的病情可能比较严重，需要医院就诊评估。