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我觉得您不用反反复复琢磨宝宝哪儿有问题。从您的描述及图片、视频不考虑宝宝上肢有什么异常。
看视频宝宝抓握很好，很主动，宝宝上肢、手很灵活。
宝宝照片胳膊姿势没有问题。
现在天气好了，带宝宝多出去玩玩，让宝宝感受外界的环境，对训练宝宝听觉、视觉、触觉等发育都有好处。
和其他同龄的小朋友家长交流交流，真的不要老是琢磨宝宝哪儿没有发育好，宝宝是不是有问题。
如果您特别担心，建议带宝宝去做一个头颅核磁，如果核磁没有问题，从现在宝宝发育来看，有问题的可能性不大。

给宝宝盖被子宝宝有反应是正常现象。本身惊跳反射在3～4个月才能逐渐消失。

平时说的缺钙就是维生素D缺乏性佝偻病的简称。宝宝查体没有佝偻病，宝宝继续补充维生素D，如母乳妈妈每天吃钙片。宝宝不需要额外补充钙剂。
每天外出晒太阳也利用维生素D吸收。

我是这么认为的。
因为宝宝一直趴在睡觉，睡觉时手肯定放在身体两侧，所以宝宝习惯这种姿势。
宝宝清醒的时候，情绪高的时候，多训练宝宝趴着，翻身就可以了。
3个月宝宝拇指内收是正常现象，多按摩宝宝手心、多训练宝宝抓东西，尽量让宝宝伸展5个手指头（就是尽量展开拇指）。

尽量少趴着睡，对“趴着手放两侧”这一习惯有纠正左右。
从您的描述来看，给宝宝上肢做被动操时候的表现，宝宝抗拒，说明拉伸对他来说不舒服，要考虑上肢肌张力有些高的可能，应该问题不大。建议增加上肢训练，多给宝宝上肢做按摩（放松肌肉），加强上肢活动。
还是建议给宝宝做一个核磁，本身早产儿一般常规都会做头颅核磁，看脑发育情况的。
做一个头颅核磁没有什么大问题，就放心多了。