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感冒多由病毒感染引起，如果继发细菌感染，可伴有咳脓性痰，或化验血常规显示白细胞和中性粒细胞升高。
孕两个月为早孕，此时胚胎器官处在发育中，对外界各种病毒刺激敏感，低烧和中等度的发烧对胚胎并不构成大的威胁，但如果高烧39度以上对其神经系统的发育会有一定的影响。
但各种病毒如感冒病毒等对胚胎有较大的风险，有可能影响发育中的胚胎，造成出生缺陷，某些器官如心血管发育畸形。建议到资深的妇产科充分评估风险与获益情况。
您目前“退烧后咳嗽不止，已经三天”，不知是干咳少痰，还是咳脓性痰或黄痰。

您好!如果是细菌感染的话，在孕早期用青霉素类抗生素是较为安全的药物。目前可频喝水。在孕早期用药需要对胚胎相对安全的，目前咳嗽建议做雾化吸入治疗。

雾化吸入等可以用普米克令舒联合复方异丙托溴胺。在一般的医院有做这些，孕期在医生的推荐剂量使用范围内使用是较为安全的。