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您好。
您的牙根发炎了，医生的做法是根管治疗非常重要的一步，根管清理（根管预备），要用机械的方法把牙齿中间的脏东西清理干净，冲洗的药水也是为了脏东西可以冲出来。您感觉到疼痛很正常，有的患者如果疼痛明显还可以要求麻醉下治疗。
因为您现在是根尖周炎急性发作期，医生可能没有完全封闭起来，而是放了一个棉球堵着。一般这种开放也就持续两三天，医生应该跟您预定好复诊时间了，您按时复诊即可。
（当然，如果医生之前的封药是一周或两周的，现在掉了的可能不只是棉花，这就需要您尽快复诊。）
祝早日康复！谢谢！

1、不是这个意思。棉花只是暂时性的放在牙齿开口上不让脏东西掉进去的，所以掉了反正你也就13号过去复诊封药好了。（你没有「伤口」，只有牙齿上钻了个洞而已。）
2、局麻药不会影响神经系统，它三四个小时就代谢完了，对您来说只有好处没有坏处。
3、处于炎症状态的牙齿，触碰、激惹都会疼痛，没有证据证明他会「弄穿」您的牙齿，并且，牙根本来就是穿通到下颌骨的。（当然，会存在牙根侧穿的风险，但是您是完全没有办法「感觉」出来的）
4、因为您根尖周炎挺重的，所以才会先开放牙髓腔，您现在的恢复情况我认为非常好啊，至少已经不是那么痛了。按流程来做即可，注意多跟您的主治医师沟通，您就不会这么担心了。
谢谢！

不客气！谢谢信任。