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如果炎症性肠病患者吃了美沙拉秦、激素、免疫抑制剂等药物后效果不好，患者的症状符合生物制剂的指征，也可以尝试这种治疗。如果生物制剂治疗也失败了，就说明药物治疗对这个患者已经不管用了，要考虑手术治疗。
手术与否，不但要看病情的严重程度，也要看患者对生活质量的要求，有些患者即使有症状也不觉得影响生活，就可以不做手术；但是如果患者觉得疾病已经严重影响了他的正常生活，就可以考虑通过手术治疗来提高生活质量。
肠梗阻是克罗恩病的常见并发症，一旦出现肠梗阻，就会影响患者的正常饮食。造成肠梗阻的原因一般有两种，炎症和纤维化。炎症性肠梗阻，也就是肠壁发炎肿起来堵住了肠道，只用药物治疗就可以缓解梗阻。而纤维化造成的梗阻，是肠子因为长期有炎症而形成瘢痕狭窄堵住了肠道，药物治疗是没有用的，必须进行手术治疗。但这两种情况从症状上很难区分，需要通过CT、增强超声、磁共振等检查的结果进行综合判断。
肠穿孔后，肠子中的东西就会漏到腹腔中，造成腹腔感染，引起腹膜炎、腹腔脓肿、腹膜后脓肿等，严重的情况，甚至会让患者出现感染性休克，危及患者的生命。所以一旦出现肠穿孔，必须及时手术。

克罗恩病出现肠梗阻和肠穿孔等并发症都是需要手术的。而溃疡性结肠炎的患者，如果脓血便、便血的情况很严重的时候，可能会出现感染性休克、肠穿孔、结肠高度扩张、中毒性结肠等并发症，都是需要进行手术治疗的。
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